L'époque Edo sera sans conteste l'ère des Shoguns. Tokugawa Ieyasu, qui s'installe au pouvoir en 1600, inaugure un pouvoir sans aucun partage durant 270 ans et une lignée incontestée de 15 Shoguns. Jamais une famille n'aura détenu aussi longtemps, et aussi fermement le pouvoir au Japon.

Si Tokugawa Ieyasu finit d'unir le Japon par l'anéantissement des héritiers du clan Toyotomi en 1614, c'est son petit-fils, Tokugawa Iemitsu, troisième Shogun, qui va instituer le contrôle complet du Japon. Il commence par fermer le pays à l'étranger en 1639, pour deux siècles et demi. Puis il oblige les Daimyos à résider une année sur deux à Edo, la nouvelle capitale ( système du Sankin-Kôtai ), tout en gardant en otage leurs familles. Il persécute le christianisme et en chasse les prêtres hors du Japon. Enfin, il codifie tous les actes de la vie des différentes classes du pays, figeant ainsi toute évolution sociale dans le pays, afin de mieux contrôler la population.

C'est ce système qui va permettre à la lignée des Tokugawa de se maintenir au pouvoir, malgré des Shoguns faibles ( Ietsuna 1641-1680 ) voire même fous ( Tsunayoshi 1646-1709 ). Mais pourtant en 1867, quand le 15 éme Shogun Tokugawa Yoshinobu prend le pouvoir, l'arrivée des américains, 14 ans plus tôt, a beaucoup affaibli le shogunat. Dans une dernière tentative de conserver le pouvoir, il livre alors une guerre aux troupes Impériales, et aux partisans d'une révolution nationale réunis derrière le jeune Empereur Meiji. Battu, il donne sa démission en 1868. Ainsi se termina la lignée des Tokugawa, mais également la fonction de Shogun, crée 1.000 ans plus tôt.